Aktif Projeler
Proje Adı
Proje Görevi
Proje Tarihleri
Destekleyen Kurum
Silyer Vuruş Sırasında Dineinlerin Kendi Kendine Koordinasyonu
Yürütücü
2022-2025
TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu
Dineinin Mikrotübüle Bağlanmasının ve Güç Strokunun Moleküler Ölçekte Modellenmesi
TÜBİTAK
Modeling the Regulation of Motors by Microtubule- Associated Proteins
2022-2023
PRACE - Partnership for Advanced Computing in Europe
Identification and Reengineering of Effective Nanobodies Against SARS-CoV-2 Omicron Variant
2021- 2022
COVID-19 High Performance Computing Consortium (USA)
Hücre Penetran Peptitlerden Türetilmiş Behçet Hastalığına Yönelik İlaç Adaylarının Tasarlanması
2020 – 2023
Kolon ve Meme Kanserlerinde Erken Uyarı Sistemi Oluşturulması ve Kişisel Sağlık Sistemi (E-Nabız) Veri Tabanına Entegrasyonu Projesi
Tamamlanan Projeler
The Mechanism and Energetics of Dynein’s Powerstroke (EnDy)
2021 – 2022
DECI-17 (Distributed European Computing Initiative), PRACE
Sitoplazmik Dinein Motor Proteininin Mekanokimyasal Çevriminin Mekanizmasının Modellenmesi
İstanbul Teknik Üniversitesi BAP
Exploring Nanobody Inhibitory Mechanism Against SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Using Molecular Dynamics Simulations (UC Berkeley – İTÜ İkili İş Birliği)
2020 – 2021
COVID-19 HPCC
Exploring Binding and Fusion Mechanism of SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Using Molecular Dynamics Simulations (UC Berkeley – İTÜ İkili İş Birliği)
Modelling the Mechanochemical Cycle of Cytoplasmic Dynein Machinery
PRACE
Exploring Differences in Binding Characteristics Between HLA-B51 and HLA-B52
2019 – 2019
NVIDIA Hardware Grant Program
Siklofilin 40 Enziminin Termodinamik Özelliklerine Mutasyon ve Peptid Bağlanmasının Etkilerinin Modellenmesi
2016 – 2019
İTÜ BAP
Nörolojik İlaçlara Hedef Olan Hücre Zarı Proteinlerinin İşlevinde Hücre Zarının Etkisi
TÜBA - Türkiye Bilimler Akademisi
Çoklu Ölçekli Simülasyonlardan Elde Edilen LeuT Dinamiği Bilgisi
2015 – 2018
Sitoplazmik Dinein Motor Proteininin Mekanokimyasal Döngüsünün Mekanik ve Enerjetik Açıdan Modellenmesi
Sitoplazmik Dinein Motor Proteininin Mekanokimyasal döngüsünün Mekanik ve Enerjik Açıdan Modellenmesi
2015 Yaz
Nörolojik İlaçlara Hedef Olan Hücre Çeperi Proteinlerinin İşlevsel/Fonksiyonel Mekanizmalarının Modellenmesi ve İncelenmesi
2015 – 2017